Kijkend naar de rol die epigenetica speelt bij kankergedrag

Genexpressiecontrole met behulp van eQTL. a, aantal genen met significante modellen voor elk gegevenstype. b, De verdeling van regressiecoëfficiënten (effectgroottes) voor elk gegevenstype. c, d, Volcano-plots die geselecteerde genen benadrukken die belangrijk zijn voor SCNA (c) en Mut eQTL’s (d) (tweezijdige lineaire regressie-t-tests; P_{karakteristiek}, aangepaste P-waarden (FDR). e, Vergeleken met niet-synonieme (NS) mutanten, hebben enhancer- (Enh) -mutanten meestal grote effectgroottes en een groter aandeel positieve effectgroottes. f, Het aandeel subklonale mutaties geassocieerd met detecteerbare veranderingen in cis-genexpressie was significant lager dan klonale eQTL-mutaties. g, waarin Fisher’s exacte tests worden weergegeven die aantonen dat combinaties van genmutaties waarschijnlijker eQTL’s zijn als ze worden geassocieerd met terugkerende fylogenetische genen (genen waarvan is vastgesteld dat ze bewijs hebben van fylogenetische signalering in ten minste drie tumoren) voor subklonale mutaties, en dat dit niet significant was voor klonale mutaties. Phylo en Non-phylo geven aan of het gen bewijs heeft van een fylogenetisch signaal in de tumor waarin de mutatie aanwezig was. Tweezijdige Fisher’s exact tests, P-waarden werden niet gecorrigeerd voor meerdere tests. aan hem toegeschreven: de natuur temperen (2022). DOI: 10.1038 / s41586-022-05311-x

Twee teams van onderzoekers die onafhankelijk van elkaar werken, hebben studies uitgevoerd om meer te weten te komen over de rol die epigenetica speelt in het gedrag van kankertumoren. De eerste groep, een team van het Institute of Cancer Research UK, dat samenwerkte met collega’s van verschillende andere instellingen in het VK, analyseerde duizenden monsters van darmkanker van verschillende patiënten op gevallen van epigenetische veranderingen.

Het tweede team, met leden van over de hele wereld, concentreerde zich op meerdere monsters van dezelfde tumor – ook op zoek naar veranderingen veroorzaakt door de epigenetica. Beide groepen publiceerden artikelen waarin hun werk werd uitgelegd in het tijdschrift de natuur temperen.

Gedurende vele jaren geloofden medische wetenschappers dat de meeste, zo niet alle kankers zich ontwikkelen als gevolg van mutaties in het DNA, wat leidt tot abnormale weefselgroei in de vorm van tumoren. In de afgelopen jaren hebben onderzoekers bewijs gevonden dat niet alle kankers een eenvoudige genetische oorsprong hebben. In plaats daarvan heeft bewijs aangetoond dat sommige een genetische factor hebben. Door epigenetica beïnvloedt leeftijd of omgeving de manier waarop het de DNA-code binnenkomt kankercellen slagen voor. In deze nieuwe poging probeerden beide groepen de rol van epigenetica bij de ontwikkeling en progressie van carcinomen te begrijpen.

In de eerste studie verzamelden en bestudeerden onderzoekers weefsels van verschillende soorten darm kanker Het werd verzameld bij 30 verschillende patiënten. In totaal hebben ze 1.370 monsters bestudeerd. Elk werd onderworpen aan zowel RNA-sequencing van het hele transcript als sequencing van het hele genoom. Ze konden nagaan welke tumoren afhankelijk waren van puur DNA en welke niet. Ze ontdekten dat slechts 166 van hen te herleiden zijn tot de kerngenen.

In de tweede studie gebruikten de onderzoekers gepaarde, ruimtelijk opgeloste sequencing van het hele genoom op verschillende weefselmonsters Genomen uit hetzelfde tumor. Ze vonden bewijs dat de meerderheid van de verschillen die ze identificeerden, niet aan kerngenen kan worden toegeschreven.

Beide groepen geven toe dat hun werk niet heeft aangetoond dat epigenetica direct leidt tot veranderingen in het gedrag van kankers, maar beide groepen vonden bewijs om dit te suggereren. Beiden merkten ook op dat er meer werk nodig is om de rol beter te begrijpen Epigenetica Het speelt in de ontwikkeling en progressie van kanker.

© 2022 Science X Network